Os detalhes do enredo de Thunderbolts estão sendo mantidos em segredo e não está claro se ainda existe um roteiro. No entanto, há muitas direções que o MCU poderia seguir com os Thunderbolts . Com a maioria dos personagens já consolidados, o filme pode evitar qualquer história de origem. Além disso, a maioria dos membros do grupo no filme já são muito mais simpáticos do que seus colegas dos quadrinhos, sugerindo que o filme evitará retratá-los como vilões no início e simplesmente os tornará anti-heróis.