No primeiro filme conhecemos um jovem adolescente chamado Miles Morales, enfrentando dificuldades após se mudar para uma nova escola elitista e isolante chamada Academia Visions. Ele encontra consolo ao passar tempo com seu complicado tio Aaron e ao admirar o Homem-Aranha de sua própria dimensão à distância.

Tudo muda quando uma aranha radioativa morde Miles e ele testemunha o Homem-Aranha de sua linha do tempo ser assassinado pelo sinistro Kingpin (Liev Schreiber). Isso tudo acontece depois que o Kingpin testou seu supercolisor interdimensional, trazendo vários Homens-Aranha de outras dimensões para o universo de Miles. Com a ajuda de Peter B. Parker, Spider-Gwen, Peni Parker, Spider-Man Noir e Spider-Ham, Miles consegue aprimorar suas habilidades para se tornar o único e verdadeiro Homem-Aranha de Nova York.